In der nationalen Ergänzungsstudie IGLU-E 2006 wird ein besonderer Fokus auf die Rechtschreibung gelegt. Dieser Schwerpunkt im Bereich der Orthographie begründet sich durch unterschiedliche ernüchternde Befunde. Die Ergebnisse der ersten IGLU Ergänzungsstudie aus dem Jahr 2001 zeigen ein Missverhältnis zwischen aufgewendeter Zeit für den Rechtschreibunterricht und den Rechtschreibresultaten der Schülerinnen und Schüler. Außerdem war die im Rahmen der IGLU-E-Aufsatzsstudie auftretende Fehlerdichte teilweise so hoch, dass die Lesbarkeit mitunter gravierend eingeschränkt war. Einen weiteren beunruhigenden Befund stellt die Masse an produzierten Schreibvarianten der Kinder dar. Insgesamt lässt sich konstatieren, dass die Schülerinnen und Schüler Unsicherheiten im Umgang mit der Orthographie aufweisen.
Im Rahmen von IGLU-E 2006 wurden von fast 8000 Schülerinnen und Schüler aus allen 16 Bundesländern die orthographischen Leistungen erhoben. Zur Messung der orthographischen Kompetenz wurden Tests ausgewählt, die in der Praxis verbreitet sind und linguistisch begründete Einzelfehleranalysen aufweisen. Wie in der ersten IGLU Erhebung kam die gutschrift-diagnose (ehemals Dortmunder-Schriftkompetenz-Ermittlung) zum Einsatz. Zusätzlich wurde die Deutsche Schreibprobe (ehemals Hamburger Schreibprobe) verwendet. Daneben wurde der Sprachsystematische Rechtschreibtest, eine innerhalb der Voruntersuchung zu IGLU-E pilotierte Neuentwicklung, eingesetzt.
Die Tests basieren auf unterschiedlichen fachwissenschaftlichen und fachdidaktischen Theoriekonzepten, die im Rahmen von IGLU-E in einer vergleichenden Analyse überprüft werden sollen. Zunächst werden die Schreibweisen der Schülerinnen und Schüler getreu erfasst, bevor sie auf Basis der Rahmenkonzeption der entsprechenden Tests empirisch in einer Kombination aus qualitativen und quantitativen Datenauswertungsverfahren modelliert werden. Anhand der Ergebnisse dieser Datenmodellierungen lassen sich empirisch gestützte Folgerungen für die Rechtschreibdidaktik ableiten.
Neben den Leistungsdaten wurden in der IGLU-Studie umfangreiche Hintergrundinformationen erhoben, welche die Grundlage für Zusammenhangsanalysen bilden. Hier sollen unter anderem Erkenntnisse über den Zusammenhang zwischen Rechtschreib- und Lesekompetenz gewonnen werden.